Die sachlich-institutionelle Zuständigkeit des Justizvollzugsbeauftragten orientiert sich an der strafjustiziellen Organisationsverantwortung für die Vollstreckung und den Vollzug einschließender Sanktionen. Dies betrifft den gesamten Bereich des Vollzuges von Freiheitsstrafen in den Anstalten des offenen und geschlossenen Justizvollzuges, einschließlich der Sondervollzugsform der Sozialtherapie, die ebenfalls in diesen Anstalten erfolgt. Einen sachlichen Sonderfall stellt die Untersuchungshaft dar. Diese ist zwar keine Strafe, sondern dient der Sicherung von Strafverfahren. Da sie aber ebenfalls in den Justizvollzugsanstalten vollstreckt wird, gilt auch hier die Zuständigkeit des Justizvollzugsbeauftragten. Im Bereich des Jugendstraf- und Jugendvollzugsrechts hat der Beauftragte neben dem Vollzug der Jugendstrafe in den Jugendanstalten auch Verantwortung für den Vollzug des Jugendarrests in den vier eigenständigen Arrestanstalten.
Die Sicherungsverwahrung stellt zwar eine Maßregel (und keine Strafe) dar. Da sie aber auch in den Justizvollzugsanstalten vollzogen wird, gilt auch hier die hiesige Zuständigkeit. Anders sieht es mit den psychiatrischen Krankenhäusern (§ 63 StGB) und den Entziehungsanstalten (§ 64 StGB) aus. Auch hier handelt es sich um einschließende Sanktionen. Aufgrund ihrer vorrangigen Ausrichtung auf die gesundheitlichen Probleme der dort untergebrachten verurteilten Straftäter liegt die Organisations- und Aufsichtsverantwortung für diese Einrichtungen aber im Gesundheitsressort. Ebenso wenig betrifft die Zuständigkeit des Justizvollzugsbeauftragten die Abschiebehaft. Diese unterfällt der Zuständigkeit des Ministeriums für Kinder, Jugend, Familie, Gleichstellung, Flucht und Integration des Landes Nordrhein-Westfalen (MKJFGFI).
Um die Dimensionen des Zuständigkeitsbereichs zu verdeutlichen sind einige empirische Daten zu beachten: Nordrhein-Westfalen verfügt über 36 Justizvollzugsanstalten, in denen derzeit rund 14.000 Menschen inhaftiert sind. Daneben existieren vier Jugendarrestanstalten. Insgesamt arbeiten in diesen Einrichtungen rund 9.000 Bedienstete.
